Using a long-span, paired-end deep sequencing strategy, researchers have comprehensively identified cancer genome rearrangements in eight breast cancer genomes. They show that 40%–54% of these structural genomic rearrangements result in different forms of fusion transcripts and that 44% are potentially translated. They find that single segmental tandem duplication spanning several genes is a major source of the fusion gene transcripts in both cell lines and primary tumors involving adjacent genes placed in the reverse-order position by the duplication event. Certain other structural mutations, however, tend to attenuate gene expression. From these candidate gene fusions, these researchers have found a fusion transcript (RPS6KB1–VMP1) recurrently expressed in ~30% of breast cancers associated with potential clinical consequences. This gene fusion is caused by tandem duplication on 17q23 and appears to be an indicator of local genomic instability altering the expression of oncogenic components such as MIR21 and RPS6KB1.
Source : Transcriptional consequences of genomic structural aberrations in breast cancer. Inaki K, Hillmer AM, Ukil L, Yao F, Woo XY, Vardy LA, Zawack KF, Lee CW, Ariyaratne PN, Chan YS, Desai KV, Bergh J, Hall P, Putti TC, Ong WL, Shahab A, Cacheux-Rataboul V, Karuturi RK, Sung WK, Ruan X, Bourque G, Ruan Y, Liu ET. Genome Res. 2011 Apr 5.
Corresponding author: Prof. Edison T. Liu, Cancer Biology and Pharmacology, Genome Institute of Singapore, Genome, Singapore 138672, Singapore (liue@gis.a-star.edu.sg)
A l’aide d’une technique spécifique de séquençage (dite « d’extrémités appariées »), des chercheurs ont identifié de manière globale les réarrangements de génome cancéreux dans huit génomes de cancer du sein. Ils montrent que 40%-54% de ces réarrangements génomiques structuraux donnent lieu à différentes formes de transcrits « de fusion » et que 44% de ces transcrits sont potentiellement traduits. Certaines autres mutations structurelles, cependant, ont tendance à atténuer l'expression de gènes. Les chercheurs ont trouvé un transcrit de fusion (RPS6KB1-VMP1) récurrent exprimé dans environ 30% des cancers du sein et associé à des conséquences cliniques potentielles. Le gène de fusion correspondant est produit par duplication en tandem dans le locus 17q23 et semble être un indicateur d'instabilité génomique locale modifiant l'expression d’oncogènes composants tels que MIR21 et RPS6KB1.
Article (en anglais) librement disponible à l’adresse: http://genome.cshlp.org/content/early/2011/04/05/gr.113225.110.full.pdf
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