Background: DAPfinder and DAPview are novel BRB-ArrayTools plug-ins to construct gene coexpression networks and identify significant differences in pairwise gene-gene coexpression between two phenotypes.
Results: Each significant difference in gene-gene association represents a Differentially Associated Pair (DAP). Our tools include several choices of filtering methods, gene-gene association metrics, statistical testing methods and multiple comparison adjustments. Network results are easily displayed in Cytoscape. Analyses of glioma experiments and microarray simulations demonstrate the utility of these tools.
Conclusions: DAPfinder is a new user-friendly tool for reconstruction and comparison of biological networks.
Source: Construct and Compare Gene Coexpression Networks with DAPfinder and DAPview. Skinner Jeff, Kotliarov Yuri, Varma Sudhir, Mine Karina L, Yambartsev Anatoly, Simon Richard, Huyen Yentram (huyeny@niaid.nih.gov), Morgun Andrey (anemorgun@hotmail.com). BMC Bioinformatics. 2011 Jul 14;12(1):286.
Free article available at: http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-12-286.pdf
Contexte: DAPfinder et DAPview sont de nouveaux « plug-ins » pour construire des réseaux de co-expression de gènes et pour identifier des différences significatives dans la co-expression de paires gène-gène entre deux phénotypes.
Résultats: chaque différence significative d’association gène-gène représente une paire différentiellement associée (DAP). Nos outils comprennent plusieurs choix de méthodes de filtrage, des métriques d’association gène-gène, des méthodes de test statistique et des ajustements statistiques de comparaison multiple. Les résultats obtenus sont facilement affiché dans « Cytoscape ». Les analyses des expériences sur gliome et des simulations sur biopuces démontrent l'utilité de ces outils.
Conclusions: DAPfinder est un nouvel outil convivial pour la reconstruction et la comparaison de réseaux biologiques.
Article (en anglais) librement accessible à l’adresse :
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