dimanche 14 août 2011

Focus: Data mining using the Catalogue of Somatic Mutations in Cancer BioMart

Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC) (http://www.sanger.ac.uk/cosmic) is a publicly available resource providing information on somatic mutations implicated in human cancer. Release v51 (January 2011) includes data from just over 19,000 genes, 161,787 coding mutations and 5,573 gene fusions, described in more than 577,000 tumour samples. COSMICMart (COSMIC BioMart) provides a flexible way to mine these data and combine somatic mutations with other biological relevant data sets. This article describes the data available in COSMIC along with examples of how to successfully mine and integrate data sets using COSMICMart. Database URL: http://www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/cosmic/biomart/martview/

Source: Data mining using the Catalogue of Somatic Mutations in Cancer BioMart. Rebecca Shepherd, Simon A. Forbes, David Beare, S. Bamford, Charlotte G. Cole, Sari Ward, Nidhi Bindal, Prasad Gunasekaran, Mingming Jia, Chai Yin Kok, Kenric Leung, Andrew Menzies, Adam P. Butler, Jon W. Teague, Peter J. Campbell, Michael R. Stratton and P. Andrew Futreal (paf@sanger.ac.uk). Database (Oxford). 2011 May 23;2011:bar018.

Le « Catalogue des mutations somatiques dans le cancer » (COSMIC) (http://www.sanger.ac.uk/cosmic) est une ressource accessible au public fournissant des informations sur les mutations somatiques impliquées dans le cancer humain. La version de v51 (Janvier 2011) comprend des données provenant d’un peu plus de 19000 gènes, 161787 mutations codantes et 5573 fusions de gènes, décrits dans plus de 577000 échantillons de tumeurs. COSMICMart (COSMIC BioMart) offre un moyen souple de fouiller ces données et de combiner des mutations somatiques avec d’autres ensembles de données biologiques pertinentes. Cet article décrit les données disponibles dans COSMIC et montre comment réussir à fouiller et à intégrer les ensembles de données en utilisant COSMICMart. L’URL de la base de données est:

Article (en anglais) librement disponible à l’adresse :

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