Focus: Making sense of cancer genomic data

High-throughput tools for nucleic acid characterization now provide the means to conduct comprehensive analyses of all somatic alterations in the cancer genomes. Both large-scale and focused efforts have identified new targets of translational potential. The deluge of information that emerges from these genome-scale investigations has stimulated a parallel development of new analytical frameworks and tools. The complexity of somatic genomic alterations in cancer genomes also requires the development of robust methods for the interrogation of the function of genes identified by these genomics efforts. In a review paper, researchers provide an overview of the current state of cancer genomics, appraise the current portals and tools for accessing and analyzing cancer genomic data, and discuss emerging approaches to exploring the functions of somatically altered genes in cancer.

Free article at : http://genesdev.cshlp.org/content/25/6/534.full.pdf

Source: Making sense of cancer genomic data. Lynda Chin (lynda_chin@dfci.harvard.edu), William C. Hahn, Gad Getz and Matthew Meyerson. Genes Dev. 2011 Mar 15;25(6):534-55.

Des outils de caractérisation d’acides nucléiques à haut débit de données permettent aujourd’hui des analyses complètes de toutes les altérations somatiques dans le génome du cancer. Les efforts de caractérisation tant à grande échelle que ciblés ont identifié de nouveaux objectifs à potentiel thérapeutique. Le déluge d'informations qui provient des investigations à l'échelle du génome a stimulé le développement parallèle de nouveaux cadres et outils analytiques. La complexité des altérations somatiques dans les génomes du cancer nécessite également le développement de méthodes robustes pour questionner la fonction des gènes identifiés par ces efforts en génomique. Dans un article de revue, des chercheurs nous donnent un aperçu de l'état actuel de la génomique du cancer. Ils évaluent les portails et les outils actuels pour accéder à, et analyser les données génomiques du cancer. Ils discutent les nouvelles approches pour explorer les fonctions des gènes altérés au niveau somatique dans le cancer.